Молекуларна структура сапуна може се поделити на два дела.

Молекуларна структура сапуна може се поделити на два дела. Један крај је наелектрисан поларни ЦОО- (хидрофилно место), а други крај је неполарни угљенични ланац (липофилно место). Сапун може уништити површински напон воде. Када молекули сапуна уђу у воду, поларни хидрофилни делови ће уништити привлачност између молекула воде и смањити површински напон воде, тако да се молекули воде равномерно распоређују на површини која се чисти. Одећа или површина коже. Липофилни део сапуна продире дубоко у уљне мрље, док се хидрофилни део раствара у води. Комбинација након мешања формира мање капљице уља, а површина је прекривена хидрофилним деловима сапуна, уместо да се поново агрегира у велике уљне мрље. . Овај процес (тзв. емулзификација) се понавља неколико пута, а сва контаминација уља постаје веома ситне капљице уља које се растварају у води и могу се лако испрати.

Главне компоненте су натријум стеарат, а његова молекулска формула је Ц17Х35ЦООНа (угљеник 17 водоник 35 плус угљеник плус кисеоник плус кисеоник плус натријум) (може се написати и као РЦООНа, који се производи реакцијом натријум хидроксида [НаОХ] и алкалије синтетичко уље). Ако му додате зачине и боје, направиће сапун и боје и мириса; ако му додате неке лекове (као што је борна киселина или карболна киселина), постаће медицински сапун.